کتابخانهای به نام iconv در php وجود دارد که قابلیت تغییر انکودینگ رشتهها را دارد.
این کتابخانه در اصل در لینوکس وجود دارد. با bash میتونید یک حلقه برای تبدیل انکودینگ همهی فایلها بنویسید.
کد:iconv -f WINDOWS-1256 -t UTF-8 input.php --output output.php