سلام؛
1- شما با دستور wget در همون دایرکتوری که هستید فایل رو دانلود می کنید روی سرور تون. البته اگر فایلی که می خواید منتقل کنید باید در سرور مبدأ در یک دایرکتوری باشه که دسترسی public داشته باشه (777) و همه بتونن دانلود کنن. پس قبل از دانلود در سرور مقصد؛ اول از طریق دستور cd به دایرکتوری مورد نظرتون در سرور مقصد برید و سپس دستور wget
http://mydomain.com/myfile.zip رو بزنید. (به جای mydomain.com باید دامین خودتون رو بنویسید و به جای myfile.zip هم باید اسم فایل باشه)
2- با ایجاد کردن یک فایل به نام php.ini می تونید تنظیمات دلخواه برای هر هاست رو جدا تنظیم کنید. البته اگه با دستورات htaccess آشنا باشید. از طریق این فایل هم می تونید خیلی از موارد (مثل تغییر سایز آپلود) رو باهاش انجام بدید.
3- فکر نمی کنم بتونین این کار را انجام بدید. چون php باید با این ماژول کامپایل بشه.