درود
بدلیل تعداد زیاد سایت و مسلما فشار روی mysql server پیشنهاد میشه که هارد ها را raid نکنید و دیتا را روی هارد اول و mysql را روی هارد دوم mount کنید که فشار وارده کم گردد و لود سرورتون هم همیشه پایین تر خواهد بود
بکاپ گیری دائم هم داشته باشید از اطلاعات
برای این تعداد سایت هم کانفیگ ویژه ای باید انجام بدید که سرعت و مخصوصا امنیت در حد خوبی قرار گیرد