در روش کپی دستی فقط دیسک و پورت اشغال میشه . البته شما در scp با استفاده از پارامتر های میتونید میزان پهنای باند مصرفیش رو هم محدود کنید که پورت رو کامل اشغال نکنه و سرور تایم اوت بشه .
البته باز هم میگم اگر innodb داشته باشید به روش کپی فایل این دیتابیس یا جدول های Innodb منتقل نمیشن و باید dump ازشون بگیرید .