به نظر بنده بهتره سیستم عامل رو مجددا نصب کنید تا یک سیستم کاملا Fresh و تمیز برای نصب cPanel داشته باشید. یک نسخه CentOS سری 5.x و یا 6.x رو بدون هیچ Package اضافه ای نصب بفرمایید و برای نصب cPanel هم قدم به قدم طبق Documentation قسمت آموزش نصب پیش بروید و تمامی مراحل را به دقت انجام دهید.