در ssh عبارت mysql را تایپ و enter کنید
دستور زیر را اجرا کنید :
SHOW PROCESSLIST
و خروجی را اینجا بذارید.

همچنین در فایل etc/my.cnf عبارت log-slow-queries را قرار داده و mysql را restart کنید. بعد از چند ساعت چک کنید ببینید کدام کوری ها زمان بیشتری برای اجرا نیاز دارند (کند هستند)