سلام.
اولاً در حال حاظر ارتقا به ورژن 10 کار صحیح نیست چون شرکت Parallels در جریان مشکلات هست و تا زمانی که ورژن های 10.5 به بالا ارائه نشده ارتقا به این ورژن برای سرور هایی که در حالت Productive هستند اصلاً پیشنهاد نمی شود.
همینطور مشکلات ذکر شده توسط شما می بایست به صورت تک تک بررسی شوند ولی حل مشکلات به صورت موقت کار سختی نخواهد بود (تغییر PHP Default Method به حالت ISAPI و یا CGI و همینطور نصب مجدد MailEnable برای تنظیم شدن صحیح webamil و ...)
با تشکر.