چطور فکر میکنید مشکل از htaccess و تغییر ساختار پیوندهای یکتا میتونه باشه
چه ربطی داره
اگر پیوندها از حالت استاندارد تغییر داده بشه
اگر این فایل نباشه صفحه اول نمایش داده میشه و تک نوشته ها و صفحات دیگر سایت ارور داده میشه
شما به نحوه بکاپ و ریستور دیتابیس توجه کنید ( طبق اموزش دوستان)
برای بکاپ پیشنهاد میکنم از دامپر استفاده کنید
ضمنا به تنظیمات خواندن برید و ببینید "نوع نویسهها برای برگهها و خوراکها" رو حالت UTF-8 باشه