عزیز خیلی سخت هست بدون بررسی سرور در این شرایط نظر داد . مشکلی که سرویس mysql داره این هست که علاوه بر کانفیگ اشتباه خودش ، کانفیگ اشتباه سرویس هایی مانند PHP هم میتونه روی performance اون اثر بذاره . توصیه میشه کانفیگ سرویس mysql رو اگر دیفالت هست بهتر کنید . سپس اگر مشکل حل نشد روی سرویس PHP تمرکز کنید و اون رو optimize کنید .