با سلام
توابع زیادی است و شما باید با توجه به CMS هایی که استفاده می کنید باید توابع را محدود کنید.
مثلا توابعی را که خیلی مهم است در php غیرفعال شود ..
system, exec, shell_exec, proc_open, passthru
خوب اینها برای php می باشد که ممکن است وب شل php نباشد و از perl استفاده کرده باشد که در این صورت راهکار های دیگری پیشنهاد می شود.
با تشکر