سلام
راه های زیادی وجود داره
ساده ترین راه این هست که کرون جاب زمانی که اجرا میشه کنار خودش یک فایل ایجاد کنه ( مثلا run.txt ) و زمانی که کارش تموم شد فایل رو حذف کنه
حالا باید در فایل php کرون تعریف کنید در صورتی که فایل run.php وجود داشت دستوری اجرا نشه و پروسه اجرای کرون بسته بشه
مثال :
http://pastecode.ir/?p=104435
در این کد تعریف شده اگه فایل run.txt وجود داشت کرون کار نکنه
اما اگه فایل run.txt وجود نداشت این فایل رو بسازه و بعد از ساخت اون دستورات PHP مربوط به کرون رو اجرا کنه و بعد از اینکه کارش تموم شد فایل run.txt رو حذف کنه تا در صورت اجرای مجدد کرون تشخیص بده که کرون دیگه ای در حال اجرا نیست
----
راه های زیادی هست, همینوی میشه به دیتابیس متصل کرد یا راه های دیگه که با کمی فکر و ابتکار عمل میشه اجرا و پیاده سازی کرد