سلام
خود php تابع chmod برای تغییر دسترسی فایل ها و پوشه ها داره.
http://php.net/manual/en/function.chmod.php
فقط در کرون جاب نمی تونید از آدرس دهی نسبی (Relative) مثل فقط اسم پوشه یا ../ استفاده کنید چون موقعیت دایرکتوری فعلی (Current Dir) هنگام اجرای کرون جاب دیگه دایرکتوری اصلی فایل PHP مورد نظر نیست و احتمالآً دایرکتوری /tmp در سرور هستش.
برای همین برای تغییرات در فایل ها و پوشه ها با کرون جاب یا باید دستی آدرس کامل اینطوری /home/username/domains/mydomain.com/public_html بدید یا اینکه توسط تابع dirname و ثابت سراسری __FILE__ آدرس پوشه فعلی رو پیدا کنید اینطوری:
کد PHP:
<?php
$dir = dirname(__FILE__);
chmod($dir . '/myfolder/', 0755);
پس از ایجاد فایل php که دسترسی رو تغییر میده می تونید کرون جاب اجرای مفسر PHP رو در بخش کرون جاب ها با آدرس دهی دقیق به این فایل اضافه کنید.
پاسخ : کرون جاب دسترسی پوشه ها
پاسخ با نقل قول