سلام دوست عزیز
در مورد ، موارد 1 و 2 احتمالا مشکل از iptables میتونه باشه (البته باید بررسی بشه ، اما معمولا این مورد هست). که با دستور service iptables stop معمولا برطرف میشه.
پنل ریبوت سرور ندارید مثلا در whmcs یا پنل نصب خودکار؟ مشکل دیر وصل شدن هم مربوط به سرور هست که همینجوری نمیشه راه حل داد و باید بررسی بشه.
با سپاس