سلام
البته اگر فایل header.php یا هر فایل php دیگه ای رو به جای include با تابع require فراخوانی کنید خودکار اگه فایل نباشه اخطار Fatal Error خود php نمایش داده میشه.
اگر هم این فایل header.php توسط خود وردپرس فراخوانی میشه شما می تونید در این فایل یه فایل دیگه مثلاً به نام myheader.php رو با تابع require فراخوانی کنید و اطلاعات header.php اصلی رو توی این myheader.php ذخیره کنید بعدش اینطوری اگه این فایل myheader.php نباشه PHP اخطار میده.