با توجه به این مورد که میفرمایید دستی اجرا می شود ، شما دو حالت آدرس کرون را در حالت اجرا خود سرور تست کردید ؟
مثلا یک مورد :
php -q /home/username/public_html/WHMCS/admin/cron.php
که این حالت براتون گویا کار نکرده حالت دوم :
GET http://yourdomain.com/whmcs/admin/cron.php
این مورد را تست کردید ؟