سلام دوست عزیز
احتمالا با مقادیر پیش‌فرض فایل my.cnf این مشکل پیش اومده و باید بر اساس منابع موجود بهینه بشه. میتونین از این اسکریپت برای پیشنهاد مقادیر مناسب‌تر کمک بگیرین:
http://mysqltuner.com/

تقریبا مطمئنم که بعد از بهینه‌سازی دیگه به mysql فکر نمیکنین.