سلام
این مشکل به خاطر افرانت هست ، کانکشن به خارج از کشور خیلی مشکل داره.
برای yum از مخزن های داخل ایران مثل دانشگاه یزد استفاده کنید که خیلی طول نکشه.
چون yum برای خوندن لیست پکیج ها از خارج از کشور دانلود می کنه این مشکل براتون پیش میاد.
ولی اگه تمام عملیات ها داخل سرور کنده ، اول لود سرورو و سرعت هارد رو چک کنید.