سلام
اگه با safe mode مشکلی نداری روشنش کن
از suphp استفاده کن و امکان استفاده از php.ini را در فایل suphp.conf ببند.
توابع مشکل ساز php مانند pathtru، shell_exec و ... (بگرد پیدا میکنی) رو ببند.
امکان اجرای پرل رو ببند.
از mod_security و suhosin با تنظیمات صحیح استفاده کن
فایروال با تنظیمات صحیح
حل مشکلات پوشه ی tmp
اینجوری شل هم آپ بشه تقریبا بی تاثیره