فایل بصورت دستی اجرا می شود یا کرون جاب ؟

باید timeout لایت اسپید را عددی بسیار بالا بزارید

همچنین در php.ini تایم اوت رو زیاد کنید و اگر از suhosin استفاده می کنید مقادیر suhosin را نیز تغییر دهید ( افزایش چشم گیری ).

همچنین csf را غیرفعال کنید.