درود

دوست گرامی از function مخصوص اینکار یعنی system استفاده کنید البته نباید این فانکشن از سمت یوزر در php.ini غیر فعال باشد و با دسترسی root باید اجرا شود

به اینصورت:
<?php
system("service httpd restart");
?>