شما لاگ های MySQL رو هم نگاه کن از این آدرس :
/var/lib/mysql/hostname.err
مخصوصا تو زمانایی که این اتفاق میفته ولود میره بالا(الان لود رو 27 هست!!) خط های آخر این لاگ رو بخون....ممکنه کمکت کنه . در ضمن حجم این فایل الان چقدره؟ اگر غیر طبیعی بزرگ بود مثلا بالای 100 مگابایت یا بیشتر قطعا یک ارور تو تیبیل های دیتابیس وجود داره

با دستور زیر تیبیل ها رو اپتیماز و ریپیر کن (در ساعاتی که ترافیک سرور خیلی کمه این کارو بکن)

mysqlcheck -Aor