سلام

اگه با safe mode‏ مشکلی نداری روشنش کن

از suphp‏ استفاده کن و امکان استفاده از php.ini‏ را در فایل suphp.conf‏ ببند.

توابع مشکل ساز php‏ مانند pathtru، shell‎_exec‎‏ و ... (بگرد پیدا میکنی) رو ببند.

امکان اجرای پرل رو ببند.
‎
از mod‎_security‏ و suhosin‏ با تنظیمات صحیح استفاده کن

فایروال با تنظیمات صحیح

حل مشکلات پوشه ی tmp

اینجوری شل هم آپ بشه تقریبا بی تاثیره