منم این مشکلو داشتم. بعد از پاک کردن خودت یا از مدیر سرور بخوای
/usr/local/cpanel/bin/build_apache_conf رو اجرا کنه تا این مشکل برطرف بشه. فکر کنم ای یه باگ توی سی پنله.