معمولا این خطا زمانی رخ میدهد که mysql پس از shutdown نمیتواند فایل pid را از فلدر /var/run پاک کنه ( احتمالا دسترسی برای این کار نداره )کد:Manager of pid-file quit without updating fi
شما فایل /var/run/mysql.pid ( احتمال داره در سرور شما اسم دیگه ای داشته باشه ) را حذف و مجددا سرویس را ریستارت کنید . مشکل باید برطرف بشه .