سلام
1- از suphp استفاده کنید
2- امکان ایجاد php.ini رو برای مشتری غیر فعال کنید از suphp
3- safe_mode رو فعال کنید
4- functions خطرناک رو تو php غیر فعال کنید
5- mod security رو فعال کنید و کانفیگ کنید
6- از csf استفاده کنید و درست کانفیگش کنید
7- در صوردت امکان از cloud linux و cagefs استفاده کنید
8- از cxs استفاده کنید
اینها تنظیمات امنیتی اولیه هست در صورتی که مشکلتون رو حل نکرد باید به طور تخصصی سرور کانفیگ بشه