احتمالا سیستم عامل سرور شما، CentOS هست و مشکلی هم که شما باهاش مواجه شدین باگ برنامه unzip در سیستم عامل RHEL و در نتیجه توزیع رایگان اون یعنی CentOS هست. این باگ باعث میشه که فایلهای حاوی کاراکترهای غیر اسکی مثل فارسی موجود در یک آرشیو zip در هنگام استخراج با این برنامه با نام های غیر صحیح و کاراکترهای غیر عادی ایجاد بشه.

برای رفع مشکل می تونید آرشیو فشرده zip خودتون رو در یک سیستم دیگه استخراج کنید بعد فایلها رو در یک آرشیو جدید فشرده tar.gz قرار بدین و بعد از آپلود روی سرور فایل رو استخراج کنید و یا فایلها رو به صورت مستقیم با FTP آپلود کنید.

https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=885540