احتمالا مشکل از سمت سرور شماست.
ممکن است از time out باشد.
که وقتی کرون جاب فعال میشه time out میشه و به اتمام نمیرسه ولی وقتی دستی انجام میدید timeout نمیشه.!
تا حالا بر نخوردم ولی قابل حل هست به نظرم.
یک whmcs جدید بسازید و این مورد رو چک کنید اگر باز با همین ارور روبرو شدید با مسئول سرور خودتون تماس بگیرید.
یک بار cpanel رو آپگرید کنند و نیز یکبار rebuild
موفق باشید.