PHP مستقسما با سیستم عامل کار نمی کنه برای همین timeout داره
اگر می خواید محدودیت زمانی نداشته باشد باید به روش CGI برنامه اجرایی بنویسید که میشه کدهای perl، C++ ... را درونش اجرا کرد

آیا منظورتون همین بود؟