شما باید این دامین رو از Addon یا Park پاک کنید. بعد با دستور زیر چک کنید:
userdel username
بعد از قسمت DNS توی WHM اگر DNS این دامین وجود داشت اونو پاک کنید و در نهایت دستور زیر را اجرا کنید تا این دامین کلا پاک شود.
/usr/local/cpanel/bin/build_apache_conf

یک مشکل توی سی پنل هست که وقتی Addon یا Park رو حذف میکنید کاملا پاک نمیشه. فکر کنم باید به سی پنل گزارش داد.