نمیشه گفت سرور ویندوز برای php خوب نیست و لینوکس هست!
با کنترل پنل هایی که برای ویندوز نوشته شده از لحاظ کارایی فرقی ندارند با کنترل پنل مشابه روی لینوکس
ولی سیستم عامل لینوکس به دلیل پایداری و استفاده کمتر از منابع و خیلی دلایل دیگه محبوب تره تو این زمینه