یک راه حل کلی که برای امنیت سرور نداریم !
شما الان بررسی کنید که اگر تحت حمله هستید یا ضعفی هست در سرور در اون مورد اقدام کنید اگر مورد shell هست که حتماً suphp رو فعال و نصب کنید و فانکشن های php که خطری هستند رو غیر فعال کنید. که shell به اکانت های دیگه و سرور دسترسی نداشته باشه اون اکانتی هم که SHELL داخلش آپلود میشه کاریش نمیشه کرد کلاً میشه منحدمش کرد باید یوزر اجازه آپلود شل نده .