درود بر شما
دوست گرامی این مشکل از مدیر سرور هستش نه شما
مدیر سرور اگر حرفه ای سرور را کانفیگ کرده باشد php.ini را بصورت per user تعریف میکند که user بتواند براحتی php.ini اختصاصی داشته باشد در امنیت نیز بسیار موثر هستش و کاری به php.ini اصلی سرور نیز ندارد که مشکل امنیتی ایجاد کند
بنده تا الان مشکل امنیتی high risk در مورد Magic Quotes ندیدم.