دوست عزیز.سیستم بک آپ گیری سی پنل تغییر نکرده فقط میتونید با یک تیک یکسری ظواهر یا تنظیمات خاص رو جا به جا کنید.
مثلا استایل ها شون فرق داره و چند تا چیز دیگه.

در اصل ماجرا دیتابیس هایی که این مشکل رو دارن خراب هستند.بعضی هاشون قابل ترمیم و بعضی هاشون غیرقابل تعمیر هستن.
یک راه برای استخراج صحیح و انتقال این سایت ها وجود داره و اون هم نفوذ به قلب sql هست.مکانی که تمام دیتابیس ها در اون زندگی میکنن به عبارتی.
خب.توصیه میکنم اگر زیاد با دایرکتوری ها و سی پنل کار نکردید زیاد وارد این موضوع که مطرح کردم نشید چون ممکنه کل سرور رو دان کنید.
موفق باشید