اگر مشکل شما فقط پوشه دانلود بوده تغییر نام این پوشه و انتقال آن به قسمت home هاست از اقدامات اولیه امنیت این اسکریپت هست و پولتون ُ دور ریختید که صرف خرید این اسکریپت ناکارامد کردید.
Further Security Steps - WHMCS Documentation
تمام پچ های امنیتی که خود WHMCS برای دانلود میذاره رو میتونید روی نسخه نال شده بریزید چون هیچ کال بکی نداره.
ضمنا هیچ شرکت نرم افزاری اعتبار خودش را با گذاشتن باگ در نرم افزار خودش پایین نمیاره.
باید به فکر مهاجرت به یک اسکریپت امن تر مثل hostbill بود.