سلام
یعنی چطور تو روت نصب کرده !! معمولا چنین چیزی اتفاق نمی یوفته چون مراحل نصب خودکاره ! بد کانفیگ کرده!

شاید هم منظورتون اینه سایت ها عوض home تو root هستند که این چیز ساده ای هست می تونید از تنظیمات خود whm اکی کنید

  • Home »
  • Server Configuration »
  • Basic cPanel & WHM Setup


* Enter the location where you wish for new users’ home directories to be created. By default all directories matching the "Home Directory Prefix" are checked for available disk space and the directory with the most free space will be used.

جلوی این قسمت می تونید مسیر رو اصلاح کنید