سلام در صورتی که فایل my.cnf کاملا خالی است می بایست به صورت زیر مقادیر را قرار دهید :

[mysqld]
max_allowed_packet=1500M

سپس کلیدهای ctrl+w را بفشارید و برای save شدن y را وارد کنید و در آخر سرویس mysql را restart کنید.

با تشکر