سلام
بهت پیشنهاد می کنم پورت 3306 رو ببندی . mysql مانند sql server نیست که نیاز به ریموت داشته باشه
دستور زیر رو رو بزن نتیجه رو بده ببینم
watch -n 1 'netstat -an | grep 25 | grep ESTA | wc'
slow.log را توی my.cnf فعال کن و تایمش رو بذار رو 10 ثانیه شاید یکی از یوزر هات را ابیوز می کنه