باید توی Root باشه. اگر نباشه از Web.config که تو محل نصب ASP.Net هست استفاده میشه که برای همه Web Applicationها اعمال میشه. مگر اینکه اونی که تو Root سایت هست Override کنه. معادلش در تکنولوژیهای دیگه هم هست مثل php.ini.

اول باید Log IIS رو بررسی کنید که ببینید دقیقاً خطا چیه. معمولاً بعد از Backup Restore خطا مربوط به Directory Permission (مثلاً شاید برنامه، اجازه نوشتن در Host جدید رو نداره) و Database Connection String میشه.