سلام
در مورد کانفیگ Apache صحبت کردید اما مقادیری هم Swap بذارید و همینطور MySQL هم برای میزان رم 512M اپتیمایز کنید.
MySQL هم اگر با میزان RAM هماهنگ نباشه دچار افت سرعت سرور یا حتی Crash خود MySQL میشه.