با سلام
والا تا جایی که من اطلاع دارم با htaccess میشه پاپ آپ ساخت ولی نه اون پاپ آپی که شما فکر می کنی !!!
برای فایل ها و فولدر هایی که Password Protected هستند هنگام دسترسی ازتون رمزی رو می خوان وارد کنین و نمایش این درخواست رمز به شکل alert جاوااسکریپت هستش و htaccess popup بهش میگن تا جایی که من میدونم...
امکان تغییر در نمایشش هم هست ولی موردی که شما سوال کردی فکر کنم منظورت تبلیغات پاپ آپی هستش که کد یه کد جاوااسکریپت هستش و باید در صفحات دلخواهت قرار بدی تا اجرا بشه...
امیدوارم تونسته باشم درست کمکتون کرده باشم...
موفق و پیروز باشید...