سلام

این مشکل رو روی سرورهای دایرکت ادمین زیاد دیدم ولی علت مشکل رو به طور دقیق پیدا نکردم.

csf نصب و کانفیگ و فعال کنید.
mysql رو بهینه کنید و یک بار تمام دیتابیس ها رو repair optimize کنید.
مقدار swap memory رو به طور دقیق تنظیم کنید.
ممکنه یه نفر در حال ارسال ایمیل انبوه باشه اون مورد رو چک کنید.