پیشنهاد من به شما اینه که حالا که سرور اختصاصی دارید روش vmare نصب کنید و ۲ تا vps روش ایجاد کنید.
یکی رو برای سایت استفاده کنید و روش وب سرویس نصب کنید (php...)
و روی دومی nginx نصب کنید و به عنوان فایل سرور ازش استفاده کنید (php رو باید کلا disable کنید این رو)
راه دیگری هم دارید که با node.js فایل سرور رو راه بندازید. سرعتش از nginx بیشتره ولی کمی بیشتر نیاز به دانش فنی داره برای شما.
nginx ساده تر هست نصبش برای شما.
نباید فایل های دانلود تون رو روی وب سرویس بزارید ..
اینطوری سرعت و کیفیت دانلود هاتون افزایش چشم گیری میکنه.