من به کار کانفیگ شخصی انتقاد نکردم صرفا در راستای کمک به حل مشکل ایشان پست دادم بهتر هست بر اساس مسائل فنی قضاوت کنیم این وضعیت سرور ایشان بوده قبل از بهینه سازی ساده پارامتر ها
کد:
[root@~]# perl mysqltuner.pl
>> MySQLTuner 1.2.0 - Major Hayden <major@mhtx.net>
>> Bug reports, feature requests, and downloads at http://mysqltuner.com/
>> Run with '--help' for additional options and output filtering
Please enter your MySQL administrative login: root
Please enter your MySQL administrative password:
-------- General Statistics --------------------------------------------------
[--] Skipped version check for MySQLTuner script
[OK] Currently running supported MySQL version 5.5.32
[OK] Operating on 64-bit architecture
-------- Storage Engine Statistics -------------------------------------------
[--] Status: +Archive -BDB -Federated +InnoDB -ISAM -NDBCluster
[--] Data in MyISAM tables: 268M (Tables: 60)
[--] Data in InnoDB tables: 304K (Tables: 6)
[--] Data in PERFORMANCE_SCHEMA tables: 0B (Tables: 17)
[!!] Total fragmented tables: 14
-------- Security Recommendations -------------------------------------------
[OK] All database users have passwords assigned
-------- Performance Metrics -------------------------------------------------
[--] Up for: 6h 2m 5s (34M q [1K qps], 3M conn, TX: 87B, RX: 6B)
[--] Reads / Writes: 86% / 14%
[--] Total buffers: 672.0M global + 12.4M per thread (1000 max threads)
[OK] Maximum possible memory usage: 12.7G (41% of installed RAM)
[OK] Slow queries: 0% (0/34M)
[OK] Highest usage of available connections: 80% (801/1000)
[OK] Key buffer size / total MyISAM indexes: 512.0M/38.7M
[OK] Key buffer hit rate: 100.0% (235M cached / 29K reads)
[!!] Query cache is disabled
[OK] Sorts requiring temporary tables: 0% (0 temp sorts / 562K sorts)
[!!] Temporary tables created on disk: 50% (537K on disk / 1M total)
[OK] Thread cache hit rate: 85% (538K created / 3M connections)
[!!] Table cache hit rate: 0% (400 open / 693K opened)
[OK] Open file limit used: 6% (336/5K)
[OK] Table locks acquired immediately: 96% (33M immediate / 34M locks)
[OK] InnoDB data size / buffer pool: 304.0K/128.0M
-------- Recommendations -----------------------------------------------------
General recommendations:
Run OPTIMIZE TABLE to defragment tables for better performance
MySQL started within last 24 hours - recommendations may be inaccurate
Enable the slow query log to troubleshoot bad queries
When making adjustments, make tmp_table_size/max_heap_table_size equal
Reduce your SELECT DISTINCT queries without LIMIT clauses
Increase table_cache gradually to avoid file descriptor limits
Variables to adjust:
query_cache_size (>= 8M)
tmp_table_size (> 16M)
max_heap_table_size (> 16M)
table_cache (> 400)

نظرتان را به قسمت های قرمز جلب میکنم ، قطعا با انجام تغییراتیکه اعمال کردند و تنظیم tmpdir روی tmpfs نتیجه عملکرد این سرور فرق خواهد کرد.
منتظر خروجی مجدد این سرور فردا هم می مانیم تا مقایسه کنیم وضعیت با همین تغییرات چقدر فرق کرده .
با بهینه سازی اسکریپت هم که موافقم این نظری بود که خودم دادم حالا شما دارید تاکید میکنید روش ولی با جداکردن سرور و رفتن روی سرور دوم 90% مطمئن هستم مشکل ایشان حل نمیشه.