مسلما کانفیگ آقای محمدی ( onlineserver ) کانفیگ خوبی بوده و هست .
ولی 32گیگ رم خیلی زیاده . بیشترین منابع مصرفی چی هستن ؟ از tmpfs استفاده کردین ؟ partitioning انجام دادین ؟ ایندکس گذاری ها رو تغییر دادید که سرعت ریسپانس بالا بره ؟
البته با اعمال تغییرات در select و update های همین سرور هم شاید بشه کوئری ها رو کمتر معطل کرد تا منابع سریعتر آزاد بشن .
حالا شما یه راه دیگه هم دارید که بهتر بتونید منابع رو تقسیم کنید ولی ریسک عدم پاسخگویی سرور رو هم خواهید داشت .
بیاین رو همین سرور vmware بزارید و یک سرور مجازی با منابع کمتر و اختصاصی ایجاد کنید و مابقی رو با یک سرور مجازی دیگه در اختیار mysql بزارید .
شاید این روش با توجه به قدرت کنترل vmware بتونه به بهبود عملکرد سرویس شما کمک بکنه .