سلام .

این خطاها Slow Query هستش که علت بیشتر ارسال کوئریهای نامناسب به سرور و عدم یونیک کردن و یا ایندکس گزاری صحیح بر روی جداول هستش .
بهترین کاری که میتونید در این مواقع انجام بدید این هستش که جداول توسط برنامه نویس چک و بهینه سازی بر روی ان صورت بگیرد .

دلایل میتونه غیر از این هم باشه ، از جمله محدود بودن فضای کاری mysql بر روی رم ، قدرت پردازنده ، تعداد کلاینت های در حال سرویس گیری ، نوع جداول ، تایپ جداول ، و ...

البته کوئری بالا که خیلی پیچیده و شامل تعداد زیادی grouping و جوینینگ شده که خودش در کاهش سرعت موثر هست چراکه نتایج باید به تعداد زیاد مورد تحلیل و مرتب سازی قرار بگیرد .

موفق باشید .