رده تغییر پذیری memory_limit از نوع PHP_INI_ALL هست بنابراین در صورتیکه تابع ini_set غیر فعال نشده باشه تغییر این آپشن از طریق تابع ini_set در داخل خود اسکرپیتهای php هم امکانپذیر هست و نظر شما صحیح هست.
PHP: Where a configuration setting may be set - Manual