مشکل شما نیازمند بررسی دقیق سرویس mysql و تنظیمات و لاگ ها می باشد و جز تغییر در my.conf کمک دیگه ای در اینجا نمیشه کرد بقیه موارد نیاز به بررسی سرور خواهد داشت