suphp یا php command در .htaccess مشکل داره
چک کنید ببینید آیا سایتی که این مشکل رو داره آیا php در فایل .htaccess داره یا نه اگه داشت حذف نمایید

همچنین در suphp بالاترین level premission 755 برای پوشه و 644 برای فایل هاست