اگه منظورتون رو از sql درست متوجه شده باشم که باید اولا طراحی دیتابیس و جداول اون بهینه بشن (نمیدونم از سیستم های متن باز استفاده می کنید یا اسکریپت شخصی) و بعد هم کوئری ها که خوب تکنیک های خاص خودش رو داره و موارد خیلی زیادی باید لحاظ بشه ،

برای بهینه کردن MySQL هم یه نگاهی به این لینک بندازید :
What to tune in MySQL Server after installation - MySQL Performance Blog