اگه از namespace ها استفاده شده باشه بله مشکل پیش میاد .
فکر کنم نسخه جدید جوملا روی 5.3 باید باشه
فریم ورک های cake , zend هم باید 5.3 باشن
Yii فعلا با 5.2 مشکل نداره اما دیگه ...

بهرحال اگر مقدور هست روی 5.3 بمونید اگر نه یه اطلاع رسانی کنید توی سایتتون .